Az etológus gyakori kérdése: mit csinál ez az állat, és miért csinálja ezt? A "mit csinál"-hoz le kell tudnunk írni a viselkedést. A miért kérdésre többféle válasz is adható. Érdekes lehet, hogy milyen (1) szabályozás alatt áll az adott viselkedés, mi a viselkedés (2) funkciója, hogyan jelenik meg a viselkedés az állat (3) egyedfejlődésében, illetve nagyobb időléptékben, miként változott az (4) evolúció során. A különböző kérdésekre más és más eszközökkel kereshető a válasz. 

Bár a hagyományos értelemben vett etológia a viselkedést "kívülről" vizsgálja közvetlen megfigyeléssel, a tudomány fejlődése lehetővé és szükségessé tette, hogy a viselkedésről több módon gyűjtsünk információt. Az idegi szabályozás feltárásához célszerű neurobiológiai módszereket alkalmazni, az evolúció kutatásához szükségünk lehet a rokonfajok leszármazásának pontos ismeretére. A különböző megközelítéseket nevezte Niko Tinbergen az etológia négy fő kérdésének: mechanizmus, ontogenezis, funkció és evolúció. 

Az etológusok végezhetnek alaptudományos kutatást, amikor valóban pontosan megfogalmazott hipotéziseket igyekeznek ellenőrizni. Az etológia mint alkalmazott tudomány nem az elmélet, hanem a gyakorlat által felvetett kérdésekre keresi a választ. A kétféle kutatás módszerei, szemlélete között nincs éles határvonal, az eredmények jellegében azonban már van különbség. Jobb híján azt mondhatjuk, hogy az alapkutatás eredménye a tudományos publikáció, az alkalmazott kutatás pedig valamilyen világosan megfogalmazott javaslattal, technológiai utasítással vagy akár szabadalommal zárul.