Mint minden tudományos kutatást, az etológiai vizsgálatokat is bizonyos hipotézisek ellenőrzése érdekében végezzük. A hipotézisalkotásig hosszú az út: a kutatás elején a kérdések gyakran homályosak és szerteágazóak.

A kérdések megfogalmazása fontos mozzanat: pl. mi befolyásolja az őzek területhasználatát, hogyan kommunikál a tojó és csibéje, van-e a feketerigónak meghatározott táplálékkereső stratégia stb. Egy kérdés sok kérdést szül, azonban szerteágazó kérdésekre kutatást tervezni nem lehet: sokféle ismerethez juthatunk, de semmit sem tudunk biztosan állítani. A kérdések pontosítása részben előzetes megfigyelések, részben az irodalom tanulmányozása alapján történhet. Olyan problémákkal érdemes foglalkozni, amelyekre más még nem adott választ, és amelyek az adott feltételek mellett megoldhatók. Az előzetes megfigyelések, irodalmi adatok, kötetlen beszélgetések alapján szűkíthető a kérdésfeltevés.