Egy rejtett vérrög a DNS vizsgálatok javítására
Jánoska Máté: Genetika beadandó dolgozat (2005)
A veszélyeztetett állatfajok esetén nagyon fontos, hogy az állatok befogása nélkül is lehessen információkat szerezni a populációkról és az egyedekről. Ennek az egyik lehetősége madarak esetén a kihullott tollak vizsgálata.
A módszer hátránya azonban, hogy a tollból kevés, és rossz minőségű DNS nyerhető. A probléma kiküszöbölésére régebben is születtek megoldások. Például a mintákon több vizsgálat végzése, vagy a rossz minőségű DNS minták figyelmen kívül hagyása. Ezek hátránya, hogy növelik a vizsgálatok költségét, vagy csökkentik a minták számát. További nehézséget okozhat a múzeumi minták vizsgálata (DNS minta kora, preparálás során használt anyagok gátolhatják a PCR-es vizsgálatot).
Ezen problémák kiküszöbölésére lehet alkalmas a toll csévéjének a felső részében található vérrög vizsgálata. A tollakat vizsgáló kutatásokban ugyanis a DNS mintákat általában a cséve alsó részéből nyertek mintákat.
A vizsgált minták a spanyolországi Donana Nemzeti Park ibériai sasaiból (Aquila adalberti) és múzeumi preparátumokból származtak.
Az eredmények azt mutatták, hogy a vérrögből szerzett minta a legtöbb esetben nagy mennyiségű DNS-t tartalmazott (ellentétben a toll alsó részében található mintákkal). Fluoriméteres vizsgálattal (legalább 10 mg/μl) a legtöbb vérrögből származó minta (77,8%) érzékelhető volt, ellentétben a toll cséve basalis részéből nyert mintákból, ahol egyik esetben sem volt látható változás. A nagyobb átmérőjű tollakból jobb minőségű mintát lehetett nyerni. A mitokondriális DNS sokszorosítása során a toll két részéből származó minták esetén hasonló eredmények születtek. Nagy különbséget eredményezett a molekuláris ivar-meghatározás a két típusú minta esetén. A vérrögből nyert minták esetén jobban meg lehetett határozni az ivart, mint a toll alsó részén nyert minták esetén. A mikroszatellita vizsgálat is a vérrög esetében „sikerült jobban”.
A múzeumi példányok vizsgálata esetén a footpad?-ből szerzett minták voltak a legeredményesebbek. A vérrögből szerzett minták is adtak eredményt az vizsgálatok nagy részében. A bőrből szerzett minták adták a legkevesebb információt.
Az első cikk, amely a tollakból kivont DNS-ről szólt, már több mint tíz éve jelent meg, ennek ellenére ezek a noninvazív módszereket mégis eléggé ritkán használnak.
Erre a cikkre is hivatkozik a veszélyeztetett ibériai sas helyzetével foglalkozó cikk (Martinez-Cruz és mtsai), amelynek a végső következtetése, hogy a faj megőrzése szempontjából fontos, hogy megőrizzék a meglévő genetikai változatosságot a fajban, és meggátolják a peremterületeken található populációk beltenyésztettségét. Különös figyelmet érdemel a Donana Nemzeti Parkban található populáció.
A tollak alapján történő ivar-meghatározás alapját szolgáló cikk: Richard Griffiths és mtsai
A kígyászölyvvel (Circaetus gallicus) kapcsolatosan találtam egy ivar-meghatározásos cikket (Paola Sacchi és mtsai), melyben az ivart a CHD Z és W gének alapján tudták megkülönböztetni az ivarokat. A vizsgálatban még a „régi” módszert alkalmazták. Az „információ veszteség” érdekes módon nem volt jelentős (a minták 3 %-ában nem tudtak ivart meghatározni), ám lehet, hogy az „új” módszerrel még nagyobb lehetett volna a kísérlet sikeressége. Fontos megjegyezni, hogy a vizsgálatban csak 6 egyedből származó mintákat elemeztek.
A mikroszatellita meghatározásban fontos, hogy minél hosszabb alegységű polimorf részeket találjanak. Egy cikket találtam, amelyben négy nukleotid egységből álló mikroszatellitákat találtak sasokban. Sajnos nem néztem meg, hogy a vizsgálatokban milyen mikroszatellitákat alkalmaztak.
Természetesen nem csak madarakban alkalmazható ilyen módszer. Veszélyeztetett emlősökben is létezik hasonló módszer, természetesen szőrmintákat alkalmazva (Jensen-Seaman és mtsai).
Az irodalom keresése közben találtam egy áprilisi mókából született cikket (Michel C. Milinkovitch és mtsai), amely a ScienceDirecten is megtalálható. A cikk arról szól, hogy „megbízható” tibeti turistakalauzzal egy szőrmintát találnak, amelyről azt állítják, hogy minden bizonnyal yeti szőr. Végül is ezen szőrminta alapján a yetit minden kétséget kizáróan a lovak közé sorolták be J.
Felhasznált irodalom:
M. C. Milinkovitch, A. Caccone and G. Amato (2004): Molecular phylogenetic analyses indicate extensive morphological convergence between the „yeti” and primates
Molecular Phylogenetics and Evolution 31, 1-3
M. I. Jensen-Seaman and K. K. Kidd (2001): Mitochondrial DNA variation and biogeography of eastern gorillas
Molecular ecology 10, 2241-2247