Elsődleges adatbázisokból származtatják:

Többszörös összerendezés:

=> konzerválódott régiók: motívumok => motívumok összesége: ujjlenyomat:

=> reguláris kifejezések:

[DLS]-A-P-{VY}-[GI]-x4-C

+ gyakorisági mátrixok :

Fehérjecsaládra, funkcióra jellemző lehet

Pl.

• PROSITE - www.expasy.ch/prosite

SWISSPROT-ból manuálisan állítják elő, tartalma reguláris kifejezések, gyakorisági mátrixok

• PRINTS - http://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS

. SWISSPROT-ból, TrEMBL-ből ujjlenyomatok gyakorisági mátrixokkal

• PFAM - www.sanger.ac.uk/Software/Pfam

profilok: gyakorisági mátrixokból származtatott matematikai kifejezések (pl. Markov-láncok)