Filogenetikai profil készítése : megvizsgáljuk, hogy adott gén mely organizmusokban fordul elő => kiválasztjuk, melyek fordulnak elő ugyanazokban és csak ugyanazokban az organizmusokban (= azonos filogenetikai profilúak) => ezek között funkcionális kapcsolat valószínűsíthető

Rosetta-kő módszer : Ha 2 gén terméke egy másik organizmusban fúziós fehérjeként megtaláható, akkor a 2 gén között funkcionális kapcsolat lehet

Szomszédos gének módszere : Ha két gén az organizmusok nagy részében egymás mellett található a genomban, akkor közöttük funkcionális kapcsolat valószínűsíthető (pl. prokariótákban egy operonban egy promóter alatt több hasonló funkciójú gén is lehet)

Korrelált génexpresszió : Ha két gén ugyanolyan körülmények között mindig együtt, azonos mintázat szerint expresszálódik, akkor közöttük funkcionális kapcsolat valószínűsíthető