Margaret Dayhoff és mtsai dolgozták ki: min. 85% szekvenciazonosságú összerendezett fehérjékből kiindulva kiszámolták, hogy mennyi a valószínűsége, hogy egyik aminosav egy meghatározott másikra cserélődik (ezt elosztották az aminosavak gyakoriságával, és vették a logaritmusát mindnek - a mátrixokban ezek az értékek találhatók meg), majd ezekből az adatokból extrapoláltak más PAM-okra is

Szekvenciaeltérés - PAM összefüggés:

1	1
10	11
20	23
50	80
80	246

 

Probléma: ahhoz, hogy tudjuk melyik PAM mátrixot használjuk, tudnunk kell, hogy mennyi a szekvenciaazonosság. Ezt viszont csak az összerendezés után tudjuk meg pontosan, amihez a PAM mátrixot szeretnénk felhasználni.

Van másfajta ilyen mátrix is: pl. BLOSUM

Pl. PAM120

Filogenetikai profil készítése : megvizsgáljuk, hogy adott gén mely organizmusokban fordul elő => kiválasztjuk, melyek fordulnak elő ugyanazokban és csak ugyanazokban az organizmusokban (= azonos filogenetikai profilúak) => ezek között funkcionális kapcsolat valószínűsíthető

Rosetta-kő módszer : Ha 2 gén terméke egy másik organizmusban fúziós fehérjeként megtaláható, akkor a 2 gén között funkcionális kapcsolat lehet

Szomszédos gének módszere : Ha két gén az organizmusok nagy részében egymás mellett található a genomban, akkor közöttük funkcionális kapcsolat valószínűsíthető (pl. prokariótákban egy operonban egy promóter alatt több hasonló funkciójú gén is lehet)

Korrelált génexpresszió : Ha két gén ugyanolyan körülmények között mindig együtt, azonos mintázat szerint expresszálódik, akkor közöttük funkcionális kapcsolat valószínűsíthető