Mielőtt az egyes adatbázisokról szólnánk, a vegyületnevek alapján történő információkeresés külön kitérőt tesz szükségessé. A szerves vegyületek nevei nem mindig egyértelműek, számos szinonímájuk lehet. A szerves vegyületeknek felfedezésük első időszakában egyedi neveket adtak, amely független volt szerkezetüktől, például karbamid, anilin, ezek az ún. triviális nevek. Amikor a vegyületek száma megszaporodott, olyan nomenklatúrát alkottak, amelyben a név utal a szerkezetre, ezek a szisztematikus (kémiai) nevek. Több különböző elnevezés keletkezhet így, attól függően, hol kezdik el a leírását, mivel a molekula térbeli alakzat, nincs egyértelműen eleje és vége. A legelfogadottabb szisztematikus leíró rendszer a IUPAC. A IUPAC neveket csak 1970 óta használják általánosan és lehetnek igen bonyolultak is nagyobb molekulák esetén. A IUPAC rendszer megengedi, hogy egy vegyületnek több egyformán érvényes neve legyen. Mivel a szabályos kémiai nevek igen nehézkesek, ma is adnak az új vegyületeknek triviális nevet.

A szerves vegyületek szerkezeti képlete egyértelművé teszi, mely molekuláról van szó, de lévén rajz, a szövegre alapuló adatbázisokban nehezen kezelhető. Ez a nehézség persze nem a számítógépes adatfeldolgozással kezdődött, hiszen egy referáló folyóirat indexébe sem könnyű elhelyezni egy rajzot, különösen nem betűrendben.

A gyógyszerhatás az esetek egy részében a molekula bizonyos részeihez kötött, ezért a molekularészekre is kidolgoztak már keresési eljárásokat. Ezt hívják szubstruktúra szerinti keresésnek, és igazán jól csak grafikusan lehet végrehajtani.

A gyógyszerkészítmények és egyéb biológiailag aktív szerek gyakran hatóanyagok keverékéből állnak, melyet egy közös néven tartanak számon. Ha valamely hatóanyagra vonatkozó összes adatot fel szeretnénk térképezni, a készítmények összetevői között is utána kell néznünk.

A gyógyszerek és növényvédő szerek között elég általánosan elterjedt az ún. generikus név, vagy nemzetközi szabadnév (generic name). Egy vegyületnek csak egy generikus neve lehet és az szabadon használható, ellentétben a gyártók által adott védett névvel, mely természetesen egy termékre utal. A terméknevek mellett felső indexben R jelölés szokott állni.

A CA a IUPAC nomenklatúrán alapuló, saját egységes nomenklatúrát vezetett be. A CA nyomtatott indexeiben a vegyületeket

• triviális néven,
• összegképlet szerint,
• RN szerint,
• CA saját indexnév szerint,
• és a benne foglalt gyűrűk adatai szerint kereshetjük.

A toxikológiai és környezetszennyező hatások általában több forrásból gyűjthetők össze, mivel az egyéb jellemzőkkel együtt írják le. A Silver Platter cég Toxline és Toxline Plus néven forgalmazott adatbázisa a kémiai anyagok toxikus és környezetkárosító hatásairól több forrásból összeállított anyagot tartalmaz; forrásai a következők: Chemical Abstracts, BIOSIS, International Pharmaceutical Abstracts, National Library of Medicine (USA), National Chemicals Inspectorate (Sweden). A CAB Abstracts adatbázis is tartalmaz toxikológiai és környezetvédelmi szekciókat.

A kémiai vonatkozású adatbázisok CD-ROM változatai legteljesebben az OMIKK-ban érhetők el, és ugyanott kérhetünk online keresést is hasonló témákban.